复旦大学附属肿瘤医院药剂科（原药剂室）成立于1965年，1968年正式更名。历经5代主任，从8个人发展到了60人，下属部门设有门诊西药房、门诊中药房、中心药房、手术室药房、静脉用药调配中心、药库、临床药学、临床试验药房8个部门。目前药剂科拥有主任药师1名、副主任药师2名、主管药师10名、博士1名、硕士8名。药剂科工作量每年均保持两位数的增长，2011年底，总业务量已经达到9.6亿元。

       1995年在全市率先引入HIS系统，开创了药品现代化管理的先河。

       2000年之后中药饮片实行小包装配方，成为全国实行中药饮片小包装改革的范例。2005年，参加了全国抗菌药物监测网，为临床合理使用抗菌药物提供依据。2007年门诊取药大厅设立了药物咨询窗口，由资深药师为病人提供用药咨询服务。2008年门诊西药房开始使用排队叫号系统。2009年静脉用药调配中心（PIVAS）成立，拥有生物安全柜8台，水平层流台6台。作为全国首家集门诊处方审核、住院输液医嘱审核、全院输液统一调配为一体的PIVAS，已经接待香港大学、礼来公司、百特公司等单位高层的访问，以及全国各地同行的参观学习，并作为样板工程在全国范围推广。2009年承办中国药学会医院药学专业委员会肿瘤药学学组年会暨“第二届全国肿瘤药学大会”。2010年成立手术室药房。2010年起，药剂科获聘硕士生导师1人，接收实习生超过10人，推荐就读研究生1人、本科生16人，发表SCI文章2篇。2010年起，开始举办“肿瘤个体化药学服务理念与创新”国家级继续教育培训班，吸引全国各大医院学院120名。2011年起，承办全国肿瘤临床药学论坛，作为牵头单位，发布一系列肿瘤临川药学标志性数据以及规范性文件。

       主编《抗肿瘤药物的联用与辅用》等著作；参与中国药学会“国家十一五科技支撑计划重点课题公众基本药物安全用药科普材料”编写等。

       获上海市科技进步三等奖一次，被上海市总工会、上海市医务工会、上海市卫生局、上海市共青团评为“上海市文明班组”、“上海市卫生系统规范服务示范窗口”、“上海市共青团号”等荣誉称号。